يُعد قسم الأحياء الدقيقة أحد الركائز العلمية الأساسية في المركز الليبي لبحوث التقنيات الحيوية، وقد تأسس عام 2001 ليكون منصة بحثية متخصصة في دراسة الكائنات الدقيقة وتأثيرها المباشر على صحة الإنسان والحيوان والنبات، إضافةً إلى دورها في سلامة الغذاء والبيئة. يركز القسم على إجراء بحوث علمية متقدمة للتصدي للتحديات الصحية والبيئية المرتبطة بالكائنات الدقيقة الممرضة، واستكشاف إمكانات الأنواع النافعة منها وتوظيفها في التطبيقات الزراعية والصناعية والغذائية.
أهم مجالات عمل القسم:
1- رصد البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية المنتشرة في المستشفيات الليبية، لا سيما في أقسام العناية المركزة.
2- دراسة وجود وانتشار الكائنات الدقيقة الممرضة في الأغذية والمياه والبيئة ومصادر حيوية أخرى.
3- دراسة تأثير مستخلصات النباتات الطبية على أنواع محددة من البكتيريا الممرضة.
4- الكشف عن مسببات فساد الأغذية من البكتيريا والفطريات، وتطوير حلول تقنية لتقليل الخسائر الاقتصادية.
5- عزل الأنواع النافعة من البكتيريا والفطريات من التربة، ودراسة قدرتها على المكافحة الحيوية للآفات الزراعية، واستخدامها في إنتاج الأسمدة والمبيدات الحيوية والتطبيقات الحيوية المختلفة.